Osmanlı tarihinde Ayasofya'ya gömülen ilk padişah kimdi?
İkinci Selim, 1574 yılında saray mutfağının yanması üzerine dedesi Yavuz Sultan Selim'in son günlerinde de Edirne Sarayı'nın mutfağının yanmasını hatırlayıp, "Böyle bir yangın atam Selim Han zamanında Edirne Sarayı'nda olmuş ve kendisi çok yaşamamıştı" demişti. Nitekim kısa bir süre sonra vefat etti. Ayasofya Camii'nin önündeki türbesine gömüldü.
"Kozmopolit ve uluslararası sehir olan Konstantinopolis'in (İstanbul'un) medeni Avrupa'nın hayatını yaklasık 500 yıldan beri zehirleyen Türklerin elinden alınma fırsatı kesinlikle gelmistir. Ayasofya 900 yıl öncesinde olduğu gibi yeniden "Yüce Hıristiyan Kilisesi" yapılmalıdır."
İstanbul Fetih Cemiyeti olan İstanbul Fethi Derneği, 1953 yılında, 500. Yıl kutlamaları çerçevesinde fethin hatıralarını yansıtan mekânlara birer kitabe koydurmuş. Ama Ayasofya'ya bu kitabeyi asmalarına izin verilmemiş.
Günümüzde görülen Ayasofya binası aslında aynı yere üçüncü kez inşa edilen kilise olduğundan Üçüncü Ayasofya olarak da bilinir. İlk iki kilise isyanlar sırasında yıkılmıştır. Döneminin en geniş kubbesi olan Ayasofya’nın merkezî kubbesi, Bizans döneminde birçok kez çökmüş, Mimar Sinan'ın binaya istinat duvarlarını eklemesinden itibaren hiç çökmemiştir.
1453’de kilise olan Ayasofya, camiye dönüştürüldükten sonra Osmanlı sultanı Fatih Sultan Mehmet’in gösterdiği büyük hoşgorüyle mozayiklerinden insan figürleri içerenler tahrip edilmemiş (içermeyenler ise olduğu gibi bırakılmıştır), yalnızca ince bir sıvayla kaplanmış ve yüzyıllarca sıva altında kalan mozayikler bu sayede doğal ve yapay tahribattan kurtulabilmiştir.
Kaynaklar Abdurrahman Erzincanî'nin Ayasofya'da Hristiyan rahipler ile münazara yaptığından söz ederler. Abdurrahman Erzincanî'nin, Bizans Devleti'nin izni ile İstanbul'a geldiği
A. Ermurat: Osmanlıların fetihler sonucunda bazı kiliseleri camiye çevirmesini nasıl karşılıyorsunuz?
M. Ağırman: Osmanlılar fetihler neticesinde elde ettikleri şehirler ve kasabalar da ki kiliselerden en büyüğünü bir bakıma fetih alameti olarak camiye çevirmişlerdir.
Yıl 1931 Amerika Birleşik Devletlerinde bulunan Bizans enstitüsü namına, Thomas Wittemore, Camiin mozaiklerini temizlemek ve tamir etmek müsadesini istedi. İzin verildi. 1932 de mozaik uzmanları işe koyuldu. Nefis panolar ortaya çıkmaya başladı.
Maarif Vekaletinin 14.11.1934 tarih ve 94.041 sayılı tezkeresinde şu cümlelerle ifade edilmektedir: “… eşsiz bir mimarlık san’at abidesi olan İstanbul’daki AYASOFYA CAMİİ’nin tarihi vaziyeti itibariyle müzeye çevrilmesi, bütün şark Lemini sevindireceği ve insanlığa yeni bir ilim müessesesi kazandıracağı cihetle,