Enez Ayasofyası’nın yapım tarihi kesinlik kazanamamıştır. Bununla beraber mimari üslubu Orta Bizans Döneminde, XII.yüzyılda yapıldığını göstermektedir.Günümüze oldukça harap bir durumda gelen bu yapı ile sanat tarihçiler ilgilenmiş ve bir çok yayında, bilimsel araştırmada yer almıştır.