İznik Ayasofya Camii, İznik'in tam ortasında , surlarla çevrili kentin dört kapısından gelen yolların kesiştiği yerde inşa edilmiş olan yapıdır. Hıristiyanlıkla ilgili önemli kararların alındığı 7. konsül 325 yılında bu kilisede toplanmıştır. Osmanlılar döneminde camiye dönüştürülmüştür. Minareye dönüştürülen çan kulesi ve yapı restore edilmeden önce çok harap ve yıkık durumdaydı. Özellikle yabancı turistlerin oldukça ilgilendiği bir yapıdır. 2007 yılında Restorasyon çalışması başlatıldı.

Restorasyon çalışmasının binanın tarihi yapısını ve görüntüsünü bozduğu yönünde eleştiriler yapılmıştır. Milliyet gazetesi "Beton sıvayla restorasyon" başlığıyla verdiği haberde restorasyon çalışmalarının Ayasofya Müzesini tarihe gömdüğünü iddia etti. Aynı habere göre Türkiye Arkelojik Yerleşmeleri Projesi (TAY) yetkilileri "Bir Başkentin Yokoluşu" adındaki bir bildiri ile restorasyonun sonuçlarına büyük tepki gösterdi.

Müze şehrin tam ortasında, kentin dört kapısına ulaşan yolların kesiştiği noktada yer almaktadır. İlk olarak M.S. VII. yüzyılda Romalılar tarafından inşa edilen Gimnasium üzerine Bizans Döneminde Bazilika olarak inşa edilmiş olan Ayasofya Müzesi, çeşitli hasar ve onarımlar nedeniyle bugüne kadar büyük bir değişime uğramıştır. XI. yüz yıldaki depremden sonra yenilenmiştir. Üç sahınlıdır. Orhan Gazi tarafından 1331 yılında camiye dönüştürülen yapı, Kanuni döneminde Mimar Sinan tarafından yapılan büyük değişikliklerle yenilenmiştir. 1935 ve 1953 yılında gerçekleştirilen onarım sırasında, renkli taşlardan taban mozaikleri ve Sythronon'u ortaya çıkartılmıştır. Apsisin yanındaki odaların içinde freskolar vardır. M.S. 787 yılında (24 Eylül-23 Ekim) VII. Ekümenik Konsil bu binada toplanmıştır.