II. Selim, Edirne'deki Selimiye'yi kendi sultan camisi olarak halkına bahsetmişti ancak istanbul dışında bir padişah türbesi düşünülemezdi. Bu nedenle, Ayasofya'ya gömülmeyi tercih etti. Topkepı sarayı'na bu denli yakın, prestijli bir yer şüphesiz çok değerliydi ancak padişahın en önemli gerekçesi sembolik bir gerekçe, Bizans imparatorlarının devamı olma arzusunu tatmin etmek olabilirdi. Selim'in türbesi Sinan tarafından tasarlandı ve Osmanlı âdetlerine göre ölümünden sonra oğlu III. Murat tarafından inşa ettirildi. Cambridge'de Trinity College Kütü pha nesi 'n dek i birtabloda, türbenin bitirilmesinden önce, U. Selim'in tabutunun, ayrıca beş oğlunun daha küçük tabutlarının üstüne kurulan görkemli kırmızı bir çadır görülmektedir.

Selim'in türbesi, oldukça karmaşık biçimli taş bir bina olup üç kemerli kapı sundurmasından geçilerek girilen küçük bir camiye benzer. Beyaz mermerden yapılmış ve ayrıntıları vurgulamak İçin pembe, kırmızı porfir ve verde-anttque taşlar kullanılmıştır. Kapının etrafı enfes iznik çinilerinden oluşan panolarla çevrelenmiştir; bu panolardan bir tanesi orijinal olup diğeri ise aslının iyi bir kopyasıdır. Çini deseninin ortasında, göz yaşı biçimindeki bir şeklin içindeki çiçek açmış ağaç, cennetin vaat edildiğini simgelemektedir; bu ağacın etrafını da birbirinin içine geçmiş daha büyük çiçek motifleri dönerek çevrelemektedir. Sundurmadaki zengin görünümden sonra içerisi daha da nefes kesici zenginliktedir. 80 yaşında hâlâ dinçliğini koruyan Sinan, aydınlık kubbeli iç mekân temasının değişik bir çeşitlemesini uygulayarak Edirne'deki Selimiye Camii'nin bir minyatürünü yaratmıştır. Osmanlı türbelerinin, masif kubbelerin küçük pencereli masif duvarlar üzerinde yükseldiği geleneksel tasarımıyla yetinmeyen Sinan, 11,5 m çapındaki hafif kubbeyi sekiz serbest sütun ve kemer üzerine oturtmuştur. Böylece ortaya, etrafında kesintisiz bir çevre koridorunun yer aldığı kare içinde sekizgen bir plan çıkmıştır. Sinan, yapının kare köşelerini üst seviyede yarım kubbelere dönüştürerek tasarımına karmaşık bir görünüm katmıştır. Böylece kemerlerin arkasında, üç geniş pencereli düz duvarların ve daha küçük pencereler açılmış yarım kubbelerin almaşıklı bir ritmi ortaya çıkmıştır. Aşağıdaki iki pencere dizisinden giren ışık miktarı daha fazladır. İlk pencere sırasının üzerinde ve göz hizasının biraz üstünde, bir kitabe şeridi duvarları hiç kesintisiz olarak çevrelemektedir. Koyu mavi zemin üzerine beyaz haflerle yazılmış Arapça yazı, Sinan'ın camilerinin çoğunda görülen, aşina bir on altıncı yüzyıl yazı tarzının güzel bir örneğidir. Bu yazı, duvarları örten çinilerin solgun renklerinin yanında göze çarpmaktadır. Pürüzsüz gövdeleri ve mukarnaslı başlıkları ile beyaz mermer sütunlar, pencerelerden giren ışığı yansıtarak mekânın aydınlık niteliğine katkıda bulunmaktadır. Buna tezat olarak da kemerlerin çok renkliliği ve kubbedeki süslemelerin koyu ' kırmızısı yukarıda muhteşem bir özellik yaratmaktadır. Kubbenin altındaki merkezi alanda, II. Selim'in yanında has kadını Nur Banu yatmaktadır. Nur Banu II. Selim'e hükümdarlığı sırasında çok baskı yapmıştır. Oğlu III. Murat tahta geçtiği zaman da, imparatorluğun yönetilmesinde temel rol oynamayı sürdürebilmek çabasıyla oğlunun haremindeki kadınlarla ilgilenmesini ve devlet işlerinden uzak kalmasını sağlamıştır.

Sinan'ın ardından başmimarlık yapan Davut Ağa 1595 yılında ölen III. Murat'ın türbesinin tasarımını yapmış ve Selim'in türbesindeki kubbenin serbest sütunlar ve kemerler üzerine oturtulduğu projeyi uygulamıştır. Ancak tasarım çok daha basit olmuştur; dış duvarları düz olan altıgen plan ve içeride altı sütun ile kemerler bulunmaktadır. Sinan'ın tasarımında olduğu gibi, içeriyi ışığa boğan üç kat pencere dizisi bulunmaktadır. Yine mukarnaslı başlıklı beyaz mermer sütunlar çok renkli kemerleri taşımakta ve iç duvarları çepeçevre bir kitabe şeridi dolanmaktadır. 1603 yılında ölen III. Mehmet, Ayasofya'nın avlusunda gömülen son padişah olmuştur. Dalgıç Ahmet Ağa tarafından tasarlanan türbesi oğlu I. Ahmet tarafından inşa ettirilmiştir. I. Ahmet de Ayasofya'nın tam karşısına Sultan Ahmet Camii'ni inşa ettiren padişah olarak ün kazanmıştır. III. Mehmet'in türbesi babasınınkine benzemektedir, ancak dıştan sekizgen planlıdır. Bu türbelerin günümüzde halka açık olmaması bir talihsizliktir; yakın zamanda açılacaklarını ummaktayız.