Mozaiklerin üstünün örtülerek ortadan kaldırılma sırası ile ilgili bazı şüpheler bulunmaktadır. Alt kattaki mozaiklerin fethin hemen ardından sıvanarak örtüldükleri anlaşılmaktadır, ancak galerilerdekiler öylece bırakılmışlardır. 50 m yüksekliğinde bir iskele kurmadan kubbedeki muazzam Pantokrator mozaiğini örtmek mümkün olamayacaktı. Oysa surları onarmak ve kenti bir imparatorluk başkenti statüsüne tekrar kavuşturmak için usta ve mühendislerine, Mehmet'in acilen ihtiyacı olduğu için bu iş ertelenmiştir. Aslında, Pantokrator mozaiği ancak 1609 yılında, İslami kuralları katı bir şekilde yorumlayan I. Ahmet'in hükümdarlığı döneminde örtülmüştür.

Bazı gezginlerin yazdıkları, bu mozaiğin, varlığını yarım yüzyıl daha sürdürdüğünü ima etmekteyse de bu kaynaklar güvenilir olarak kabul edilmemektedir. Galerilerde Hıristiyan mozaiklerinin çoğu, on dokuzuncu yüzyıla kadar kaldıktan sonra badanalanarak örtülmüştür. Apsis yarım kubbesinde yer alan Meryem ve Çocuk İsa mozaiği ise hiçbir zaman örtülmemiştir. Öylece bırakılmasına neden olarak, Hz. Muhammed'in Meryem'e hürmet duyduğu ve Mekke'deki Kabe'de tüm suretleri yok ederken, Meryem ve Çocuk İsa'nın bir suretini korumuş olduğu gösterilmektedir. Pandantiflerdeki, oldukça gizemli biçimdeki altı kanatlı melek (serafim) de korunmuş ancak yüzleri silinmiştir. Fetihten sonra değişik zamanlarda yapılan restorasyonlarda tonozların üzerindeki süslemeler, Iustinianos döneminin geometrik, figürsüz desenleriyle yeniden yapılmıştır.